建廟已二百八十餘年歷史的『後龍慈雲宮』可以肯定的說是苗栗縣境內唯一保有歷史文獻最完整的一座道教廟宇，若以全台三百多座經政府登記的『天上聖母』媽祖廟而言，更是歷史最悠久，組織最完整的廟宇之一。
話說慈雲宮歷史沿起：
滿清王朝入關統治中國后的一百年左右，正值其盛世之際，清高宗乾隆六年(西元1741)時，後龍慈雲宮就已建廟(當時是一座茅草屋)於乾隆三十三年(1768)原居大陸唐山一組貿易船隊結伴東渡來台，其中有一商船，船上特別奉祀媽祖神像乙尊，於航行途中，不料風雲變色，大海巨浪掀天，正值千鈞一髮之際，忽見遠浦神燈焰燃天際，引導該商船駛入後龍港避難，終於安然脫險。過了好幾天天氣恢復晴朗，準備繼續啟航時，卻三番兩次被大浪破折而返，此時船上人員始恍然領悟出媽祖的旨意，並立即跪地對眾人宣示，媽祖願在後龍庇護黎民。因此這些商旅和後龍鎮民便開始籌劃為媽祖建廟，於乾隆三十七年(西元1772)完成現在慈雲宮的基礎。
慈雲宮走過近三個世紀
慈雲宮草建之初，由於唐山子民的大量湧至，香火日益興旺。至嘉慶六年(西元1801)歷經三十年的風吹雨淋，廟景建築已老舊殘破，難以容納日與俱增的信眾，遂在地方士紳及熱愛鄉里崇敬媽祖的先賢們努力下做了第一次的修繕，後來又隨著地方繁榮與神恩廣被先後於道光十五年(西元1835)，同治3年(西元1864)至民國5年經過一百多年的老舊建築，牆壁剝落，多處傾塌，又做了一次徹底的拆建整修。
民國19年遭遇洪水肆虐，民國24年3月19日後龍大地震，廟內許多建築都被震倒損壞，當時各地方同遭地震禍害，故只稍加修繕後，一直勉強使用到民國49年才再次整修，於民國51年完成整建。直到民國75年管理委員會再倡議重新改建，並加建二樓佛祖殿及三樓玉皇大帝殿，總經費約三千多萬卻一直無著落，幸經時任主任委員陳文一先生獨挑大樑。於六月勸募動土興工，在78年完成現今莊嚴，並於十二月二~六日舉行建醮大拜拜。最近一次於民國101年第八屆管理委員會發現一樓木造部份之樑、柱、栱、斗遭白蟻嚴重蛀蝕，彩繪煙燻汙濁，恐有影響廟景美觀及安全，決議加以整修並重新彩繪，同時增設文昌、財神殿宮信徒祈求許願，經延聘國寶級國際廟宇彩繪大師李登勝先生及傳神營造有限公司承攬彩繪及神殿工程耗資千萬元，幸賴各地方士紳、各界廠商及眾善信慷慨解囊，踴躍樂捐而靖全功。
本宮一年一度的攻炮城活動在元宵節前擇日舉辦，本項活動已列入『苗栗縣政府無形文化資產』。元宵節是中國固有文化，也是台灣民俗的重要節日『北有平溪天燈，南有鹽水蜂炮，中有後龍慈雲宮攻炮城』。此項活動已流傳兩百多年，據傳『攻炮城』(原名射炮城)係自清朝時期起『後壠港』是一個通商口岸，曾有一年因瘟疫肆虐，地方人士向『慈雲宮天上聖母』祈求驅走瘟疫保佑平安，經『媽祖』指示放鞭炮射炮城就能趕走瘟疫邪魔，地方人士照辦後，果然瘟疫解除，恢復地方平安，而流傳至今。