創建於清嘉慶13年(西元1808年)原址在本宮對面。
清嘉慶7年(西元1802年)漢人墾民至五圍(今宜蘭市)開墾人數日增,居民以籌建(媽祖間)於清嘉慶13年(西元1808年)在宜蘭市南北主軸上(今中山路)建築一座坐西向東兩進三開間之(媽祖間)。
清嘉慶15年(公元1810年)，清朝將宜蘭納入版圖，嘉慶皇帝命時任臺灣知府楊廷理(1747-1813)撥款整修昭應宮，楊廷理同時賜木製古香爐1座於昭應宮，今古物仍存於廟中。昭應宮受皇帝敕令所建，成為了官祀代表的廟宇。
清嘉慶17年(公元1812年)臺灣知府楊廷理設置噶瑪蘭廳，派任首任噶瑪蘭廳通判(今縣市首長)翟淦治理宜蘭，因昭應宮座落於五圍南北軸幹道(今中山路)上，是當時居民重要的生活及信仰中心，官府在治理宜蘭時，選擇昭應宮為張貼諭旨告示的地點，借此告知當地居民官府的相關政令。
清道光14年(西元1834年)於現址(中山路三段106號)重建三殿式建築。
相傳當時命理師言昭應宮地處宜蘭市市中心，如改向座東朝西，蘭陽子弟必定「科甲聯登」，故將昭應宮改建於原址對面。改建後蘭陽地區楊士芳(1826-1903)、李望洋(1829-1901)等人相繼進士，舉人及第，蘭陽文風譽滿全臺。
日治時期昭和7年(公元1932年)，昭應宮因年久部分建築體損壞再次整修，前殿至正殿之兩側山牆本為土埆牆(用土塊疊砌而成的牆)，改由紅磚組砌，內牆貼30年代盛行的白瓷磚，舖換屋瓦，內殿內部之木雕、石柱、石雕或門窗等，大多是道光年間改建時的原始物件。昭和20年(公元1945年)美軍空襲宜蘭，不幸炸毀昭應宮後殿木造閣樓，導致部分文物與建築因此損毀。民國52年(公元1963年)年由地方仕紳發起集資才又重建後殿建築。
昭應宮現址為道光年間所留下，因當時改建為座東朝西面向，使昭應宮成為不面海的媽祖廟。改建後的昭應宮為三開間三殿式建築，分前殿、正殿(主祀神像位置)及後殿現存前殿與正殿，大多仍保存道光時期構造。廟內並保留歷史遺跡，先人建廟與整修時於樑柱上以古錢幣造型巧妙記錄了修繕年份；道光御賜「澤覃海宇」、光緒御賜「與天同功」。通判丁承禧「澤周海甸」，總兵張兆連「恩周赤子」的匾額等古物，皆為珍貴的歷史軌跡。
昭應宮另供奉了開蘭「三大老」：楊廷理、翟淦及陳蒸三個人先後曾擔任噶瑪蘭廳通判(地方首長)。因開蘭有功，蘭陽子民感念其功、敬若神明，以木雕祀奉於昭應宮內，受居民香火供養。
楊廷理，任台灣府之府時，曾五次入噶瑪蘭，擊敗海盜朱潰、勘查天災，並籌謀蘭地設治，最後還促成清廷將噶瑪蘭納入版圖，為開蘭最重要的有功人物。因為熟悉蘭陽民情，噶瑪蘭設廳後，楊廷理曾短暫代理首任的噶瑪蘭通判。
翟淦，則是正式的首任噶瑪蘭通判，繼楊廷理之後，治蘭五年，建城垣，設倉廒，賑災興學，勤於政事，進而深得民心。
陳蒸，繼翟淦之後，出任噶瑪蘭通判，任期僅一年，以廉潔聞名，而受到蘭民愛戴。
昭應宮歷經數次重修，但其木雕石刻仍保持道光年間的原貌，三川殿的龍柱、青獅、石枕、壁堵等。昭應宮保留了不少極具歷史價值的古物，千萬別忘了到昭應宮一遊。