金山金包里老街是基隆北海岸最早開墾的地區,依文獻可追溯至乾隆年間的契約。慈護宮監事李國昌表示,嘉慶初年,漁民在野柳海邊石洞內發現有一尊媽祖神像,地方百姓捐錢建廟,並塑造一尊媽祖做為紀念,將原先漂流而來的媽祖神像放於大尊神像腹內,俗稱「二媽」,石洞也被百姓尊稱為「媽祖洞」。
嘉慶十四年(1809年),歲次己巳年間,在金包里街興建的媽祖廟落成,初名為「天后宮」,後更名「慈護宮」。廟為金山地區的信仰中心,俗稱「金包里媽祖廟」、「金山大廟」,在《淡水廳誌》中記載此廟為天后宮十七廟之一。1867年基隆海嘯,廟身全毀,地方鄉紳以六年時間重建,陸續增建成今日閩南式宮殿規模。廟內仍保有同治十二年(1873年)到昭和年間歷次修繕的梁柱、對聯、題刻與牌匾等構件。剪黏有雲林藝師許清樹作品。
今址為金山區金包里街16號。2003年初,正殿上方梁柱有移位情況,廟方有意將廟拆掉重建,引起當地文史工作者發出保存聲浪。建築原列為暫定古蹟,在2017年2月22日新北市文化局招開的文資審議大會中,不列為文化資產。同年9月30日舉行動土典禮,但等到文化局審議通過才會拆除動工。
2019年2月廟方申請為登錄歷史建築,經市政府古蹟歷史建築紀念建築史蹟聚落建築群及文化景觀審議會決議,於同年6月17日公告。 2019年12月30日,時任總統蔡英文於慈護宮宣示長照相關政策,為近年首次有國家領導人參拜金包里慈護宮之行程。