明朝末永曆皇帝年間，有泉州南安人氏姓陳名永祿，當時天旱五穀無收，盜賊猖狂民不聊生，為避難人人相招馬來去大圓（臺灣）拍拼，經過泉州天妃宮（順濟廟）祈乞香火，以求平安渡過烏水溝，經鹿耳門溪口登岸，而來到臺南府城，暫居吳姓府中作家丁，娶某生衍。
清雍正皇帝年間，有真濟之漢人來到府城聚集，陳姓囝孫再遷移東爿，來到今時之埤兒尾，當時樹木雜草、鬼魅魍魎，陰氣森森，再請大姊（大媽）降臨救世護民，香火鼎盛。 善信鳩集雕塑天上聖母金身奉祀。
事經日劇時代戰亂頻繁，媽祖寄祀信士戴主家中，於民國四十一年八月興建公茨祀天上聖母，民國六十三年由董事鄭基旺率執事吳福財、陳良助暨信眾集資重建宮宇，奉請角宿天上聖母（二媽）共祀，民國七十九年四月，神恩廣播、馨香鼎盛，由董事邱金智、詹育、陳有財及信眾集資再次重建廟範，共揚吾崗后宮天上聖母慈悲濟世，以求風調雨順、國泰民安。