樹林慈聖天后宮主祀天上聖母，附祀玉皇大帝、三官大帝、觀世音菩薩、玉皇三公主、關聖帝君、中壇元帥、福德正神等。慈聖天后宮供奉的主神為湄洲天上聖母金面五代媽。這尊媽祖神像是由林姓先人260多年前自湄洲恭請來台，划行竹筏到台灣海峽（黑水溝）時受風浪阻礙，無法來台，所以暫時駐駕在澎湖馬公的天后宮中。當廟宇重建時廟方人員為媽祖上金尊粉面，所以又稱為金面媽祖。
清末民初時信徒恭請媽祖回台，先駐駕於台北縣新店安坑坪林一帶，以每年擲博爐主請回家中行醫濟世、廣渡眾生。後來因神尊老舊，經媽祖指示要定居於板橋，所以民國31年由先人福來居士恭請至板橋民族路市場內建宮安座為板橋慈聖宮。後來經由管理委員會經營，歷經數年，由於信眾越來越多，香火鼎盛，於民國100年再由現任主任委員張堯智帶領管委會購地，於民國105年動土建廟於新北市樹林區新興街37巷24-1號至今。