開創於荷據時期西拉雅族之目加溜灣社群部落的後堀潭湄婆宮，自埔漢先民蓽路藍縷、胼手胝足，開臺以來一直為後堀潭部落庄廟，更因其開基最早，地位崇高，自古即榮膺「頂八庄」庄主廟之名銜。 據悉，後堀潭湄婆宮，主祀 天上聖母（福建 湄洲巡海婆祖），同祀註生娘娘、福德正神、謝府元帥、中壇元帥及虎爺將軍等神祇，具足內外五營神兵鎮守闔境平安，開臺時期廟址原在明鄭古地嶺頂庄。 嶺頂庄位於後堀潭庄東鄰，乃後堀潭先民渡臺安居之原始部落，清代同治光緒年間合併為後堀潭庄，今則隸屬蘇林里所轄行政區域。 明永曆十五年（1661）大明招討大將軍 鄭成功平定臺江戰事後，自領何斌、馬信、楊祥、蕭拱宸等將領及上千人馬等，宣威巡視於西拉雅族之新港與目加溜灣社群。 王師欣慰埔漢百姓簞食壺漿，置設香案恭迎王師，親勉百姓慰以好言，鄭成功又見唐山移民銘感 媽祖護佑平安渡臺，案桌之上虔誠敬祀湄洲 巡海婆祖―媽祖婆，特賜水師艦隊護佑航行平安之軟身媽祖神尊一座，藉以宣慰埔漢群黎祈賜闔境平安。 目加溜灣埔漢百姓如獲至寶，始敬祀於開臺始祖林氏廳堂供奉膜拜。 迨至明永曆廿二年（1668）嶺頂與後堀潭眾庄民始擇於 嶺頂一地興建公厝(公廨)，安奉 媽祖神像，開基立祠共沐神恩，此為明鄭時期西拉雅族目加溜灣地區首建媽祖宮殿是也。 三百五十餘年來，後堀潭湄婆宮一直保持傳統，年復一年，年年如此，其廟名「湄婆宮」尚保留了開臺時期對天上聖母最親切的尊稱―湄洲巡海婆祖，後代子孫緬懷祖先孺慕之情，未曾一日或忘。 湄婆宮廟史簡介： 台南市安定區「後堀潭」湄婆宮是部落的庄廟，主祀媽祖為二尺八寸「軟身」金身神尊，相傳有300多年歷史，廟宇曾多次毀損後重建，現為當地民眾重要信仰中心。 湄婆宮原廟址在安定區「嶺頂」地界，「嶺頂」位於台南市安定區後堀潭東邊，也是先民的聚落。明鄭時期，後堀潭庄奉祀天上聖母，係早期先民由福建泉州一帶，移徙來此墾荒，爲祈求媽祖神佑，隨身渡海來台，迄今三百多年，當時此地僅有十三戶居民零星聚落，爲感念媽祖恩澤，同心協力，擇地築庵，供奉膜拜，爲庄頭守護神明，亦成為庄民祈求心靈保障，聯絡情誼，凝聚力量的信仰中心，湄婆宮香境盛況，曾廣及「崁頂」、「後堀潭」、「蘇厝」、「林厝」、「西衛」、「崁頂」、「百二甲」和「胡厝寮」等所謂「頂八庄」地界。 湄婆宮媽祖神像的由來，地方相傳指稱，在明永曆十五年（1661年），延平郡王鄭成功，由台南鹿耳門入台後，隨軍出巡探勘地形，抵達「嶺頂」地區，見居民供奉媽祖信仰，爲撫念鄉情，特將隨艦護持之二尺八寸「軟身」金身媽祖神像一尊與眾部將，賜給墾農十三戶庄民信仰膜拜，起初被祀奉於林氏廳堂，此為當地開基緣由。
所謂「軟身」，顧名思義是說金尊體態雕塑上，其各部關節處條理分明，並以木梢固定支撐組合而成與人類骨骼結構相同，可以自由活動。此種雕工精緻獨具風格，係明清時期最盛行之雕刻法，由此可證神尊年代之淵遠，據傳述軟身媽祖神尊在移駕時，若不慎動到手腳或頭部，如有異樣，移駕之人其相同部位將有感覺不舒服，此乃意謂媽祖之神靈與人相通。 湄婆宮原稱「天上聖母」、「天妃寺」、「媽祖廟」，民國52（1963年）年出版的「台灣省台南縣寺廟大觀」，才出現「湄婆宮」的廟名及明永曆二十一年（1668年），庄民在「嶺頂」興建公厝，安奉媽祖神像。 「湄婆宮」傳於清康熙五十九年（1720年），為感念媽祖神恩，由地方耆老黃闖、林羿、吳新佑、林在、林樣等人發起興建，以土磚建造宮殿，供奉「湄洲媽祖」並命名為「湄婆宮」，早期媽祖擁有百餘甲之庄地，農戶尋田時均需騎馬始能到達，由此足證當時在「湄洲媽」神威靈感庇祐下，庄頭戶民之富裕情況。 乾隆三十二（1767）年，因年久失修，樑柱腐朽，管理人黃添財、林港、黃柏、洪茂全等，發動重建。道光三年（1833年）七月，一場大風雨，灣裡溪（今曾文溪）氾濫成災，蘇厝庄遭沖毀，多人遷入後堀潭。光緒十三年（1887年），由地方仕紳林等、林極步、林和尚等捐金450圓，重建廟宇。 日昭和三年（1928年）湄婆宮再度受損於曾文溪水患，翌年，董事林極步、林大川，管理人林等、蘇伯等，募款重建，為土磚造建築：民國74年（1985年）又因廟身蛀食毀損，神殿簡陋，廟室狹宰，決議重建，民國85年（1996年）完工。
湄婆 宮另配祀福德正神、註生娘娘、謝府元帥、中壇元帥、虎爺等，信徒迄今已增到45戶。現年77歲的廟祝黃連續表示，二十多年前建廟時，只有十多萬元，廟方沒錢就向台南市鹿耳門天后宮借款，獲得鼎力協助，因而締造兩廟關係十分密切關係與友誼。