竹南是苗栗縣最北端的城鎮，與新竹市相接，早期為平埔族道卡司族生活之地。明末清初，泉漳移民渡海而來進入台灣開墾，竹南地區因西臨台灣海峽且土地平坦，成為北台灣開發最早的地區之一。龍鳳宮創建明朝永曆十五年（西元1661年），相傳由鄭成功部將楊祖將軍奉湄洲祖廟香火與神像於竹南海濱一帶（龍鳳港北海埔）建小祠奉祀為始。至清乾隆二十年因原址易受風沙侵襲，移入後厝仔庄建廟奉祀（天文里），清道光十六年由林金、陳復興等地方士紳遷建至大坵園庄現址奉祀迄今（龍鳳里）。
光緒十一年新竹城開台進士家族鄭如蘭重修，昭和十年再由漢文教師鄭毓卿等十五名士紳發起重建今貌。本宮歷史悠久，香火鼎盛，是桃竹苗地區最早建立奉祀媽祖的廟宇之一，俗稱為後厝仔媽祖宮，自古以來即為竹南及鄰近鄉鎮市五十三庄居民信仰中心。
民國六十九年（西元1980年），由主任委員陳錫坤、常務委員林春貴、總幹事鄭炳坤及眾委員發起，號召本宮轄境五十三庄及全國眾信士，恭塑世界最高之136尺湄洲天上聖母寶像，工程自七十年春開工，七十二年底完工，共費時三年整，中華民國七十三天運歲次甲子年農曆三月二十日由香港道教會主席張銘佳道長主持開光陞座大典。本宮天上聖母靈跡顯赫，聲名遠播，全台信徒敬稱「大媽祖」，全年來自各地及海外進香參拜信徒難以計數，是台灣媽祖信仰文化中重要的廟宇之一。
正殿主祀天上聖母，配祀註生娘娘、福德正神、五穀先帝、關聖帝君，後殿一樓財神殿主祀天官五路財神，配祀文昌帝君、至聖先師、大魁星君、月老星君、六十甲子太歲星君。後殿二樓主祀大媽祖原始金身、配祀金母娘娘、觀音佛祖。三樓奉祀136尺湄洲天上聖母寶像。本宮因創建年代較早、古匾古物極多，寺廟本體亦是屬於古蹟建築，見證了地方的開發及媽祖信仰悠遠深厚。
在前主委陳錫坤、現任主委陳超明父子相承及歷來眾委員誠心護持之下，本宮已漸臻規模。管委會常年推動社會慈善公益事業亦具有相當成效。未來將持續朝向寺廟組織與社會福利結合建設軟硬體設施及推動地方觀光事業，以發揮天上聖母慈悲護佑眾生及大媽祖無私無我奉獻精神。