土庫順天宮（以下簡稱為本宮）約在清順治年間草創（土埆厝）；據鄉人耆老訪談錄載自清初即有小廟（註一）。（後殿留有古式供桌落款為嘉慶年。）

清朝道光年間，有七房林喜捨廟地一所，以許際昌，怡德號，德茂號，林洽源、陳世澎、許光地等行郊為助，集資大銀七千零八十五元，在道光十四年（西元1834）間動工興建前殿。六年後（西元1840）興建後殿，供奉觀世音菩薩。

（此次留有古式石香爐；道光十四年，西元1834，彰化縣二林洪郁文敬獻的供桌一張，今在後殿。）

咸豐二年（西元1852）金懷德、郭經書、林得祿、許世兩、吳以巳、郭腆、謝經邦、林日省、陳世澎、洪天同、洪煥彰等地方士紳應信眾要求，分掌宮內各項事務，並重修前殿、敬聖亭及左廂（今之三官大帝殿）等，共花費三千餘大銀，至此方完成十八年前興建時所缺。

光緒二年（西元1876）有陳適均等人，認為本宮無右廂不夠莊嚴，邀集數家行郊，共捐募千餘圓，補建右廂始成宏觀大廟。

（此次留有重建記事碑及馬龍瑞素壁書法及祥龍圖等重要古蹟文物多項。）

百年春秋之後，本宮屢經風吹雨打，各處漸呈老態。幸有地方士紳顏丁全苦心經營，加上黃和加、黃天成叔侄苦守數十年，直到昭和八年（民國二十三年），神靈顯現聖母慈輝感動眾人，有鄉紳林永振、陳榮士、顏丁全、林昭頂、陳台烜、林進、陳清泉等人任董事，向官方（日本政府）申請修建。

當時，原為土庫庄改隸為土庫街，日本人篠崎喜代吉，初代街長，篠崎氏咸信聖母慈輝以主席身份向官方（日本政府）取得許可，依古域部落招募金，終成今日風貌。此次工程請來各方能工巧匠集各類精華於一身。

此次重修工程於昭和十一年（民國二十五年，西元1936）農曆一月十八日興工，不料動工翌年（西元1937）中日發生戰爭（七七事變，中國正式發佈對日抗戰），旋即爆發二次世界大戰。聖母神威顯赫，竟能安頓民心，改建工程在那紛亂的世局中順利完成。昭和十三年，（民國二十七年，西元1938）竣工，同年農曆正月十六日大與慶成之典。

石雕部份有來自唐山的惠安石雕匠師，日後落籍於本鎮街尾的蔣九（三川殿龍虎對看堵和正殿龍柱為蔣九作品），以及來自豐原的蔣泉和石舖同場競技（三川殿內間龍柱是其作品，上有落款。）

木作部份有日據時期名震當時的陳應彬弟子胡賢和唐山師父王錦木對場。

交趾陶和剪黏出自北部名匠洪坤福大弟子陳天乞。眾家名師齊聚一堂把順天宮粉妝細扮，使其成為雲林中心部位的經典大廟。神傳遞訊息給信眾，除了靠不可思議的降鑾、定力強或心夠沉靜者的福至心靈，或以擲筊方式詢問神明的指示，最多是透過夢境。而新興宮興建的起源，就是串連兩個不相干的人卻同感神召，一個是單純小孩的無意之作，與信眾夢境的化現而成。
相傳清嘉慶年間，在斗六新興宮現址有一溪流朝暮潺潺不息，有一天一個小孩在溪畔撿到一尊佛像後，便利用溪畔內的泥土塑造一座形似小廟在玩耍，並說道：「新興宮」，並將這尊佛像安置於小廟內；後來受到往來信徒焚香膜拜，靈驗顯赫且有求必應，香火日盛、信者漸增。當時有一個大陸福建人夢到一尊神祇現身，自稱神農氏說祂的金身因爲遊境台灣的斗六時，被當地信眾安座在一座小廟內奉祀，遂請託他爲祂興建「新興宮」。因為夢境逼真，於是自大陸運來一副石柱並說明緣由，附近居民認為乃神農大帝顯靈，於是當地的善信就捐錢出力為大帝興建廟宇，且奉祀大帝為「新興宮」的主神。後來，因緣際會下由高僧自湄洲祖廟迎請軟身四媽金身來此奉祀，又因原本的廟宇年數久遠恐有傾頹的憂慮，清宣統三年間(西元一九一一年)才由地方士紳吳貫世、吳盛金，倡議修建，並捐獻七百八十元作為重修工資；民國六年曾經又重修一次，直至民國十七年六月經由地方的信眾出錢出力才修建一座巍峨的宮貌，奉祀天上聖母(四媽會媽祖)。然而民國二十六年日據時代日本人推行皇民化運動，將原建於斗六街頭所奉祀天上聖母的媽祖廟焚毀，同時新興宮因設有學堂，夜間為文盲的人教授語文，因為地方士紳陳情才免被拆除，但是仍擔憂，遂將神尊移駕至「草嶺」，金身得以保全，等到風聲鶴唳後，迎回四媽回鑾奉祀，從此「新興宮」成為斗六地區媽祖的信仰中心。
民國五十年正式成立第一屆新興宮管理委員會，由信徒選任第一屆吳榮洲為主委，時值連任多屆的王瑞堂主委，有鑑於信徒日增，原土磚造的廟狹窄，於是在民國六十六年拆除舊廟，歷經七年，於民國七十三年竣工，為目前鋼筋混泥土的廟貌，同年舉行入火安座儀式。

六新興宮所奉祀的軟身開基四媽，又稱開基斗六媽，自嘉慶元年（西元一七九六年）由湄洲恭請來台，巡狩轄域斗六堡境內，經歷道光二十八年，沈長盛倡捐監修新興宮，咸豐年間士民捐資重修，香火鼎盛，且因斗六媽祖靈驗異常，舉凡出行、航海、病痛、嫁娶、安產及所有吉凶、禍福，莫不祈願而護祐，香火日盛，信徒逐漸遍及彰化以南、苯港之東、諸羅以北、水沙連之西，因有求必應，有祈必安，故人人尊稱斗六媽祖。

聖母雙手置於龍椅兩端，氣勢凌人似勸人莫造惡，而眼露慈光似垂憐鼓勵眾生多行善事。一般廟宇都是文昌帝君主掌學子的考運，而斗六新興宮卻於斗六媽神桌前供文昌神筆組，若逢考試的學子或謀求公職者可以到斗六媽前跪求，幸得『斗六媽』的三連聖筊，就可以順利取得文昌神筆組一組。另有，信徒自願提供愛情寶石，贈送天下有情人，只要能獲斗六媽擲一聖筊同意，就可免費獲得愛情寶石一組。當然，喜獲斗六媽的祝福與庇祐，更要自己努力並廣結善緣，才能讓這好運持久。
廟的一樓是熱鬧的市場，拾階而上恍如進入另一個世界。廟建築雖位在整棟大樓的二樓，依舊有寬敞的廟埕。趨步向前，正殿前的龍堵主要雕的是隻手持毛筆的石龍正微笑迎眾。進到正殿，浮雕的門神雖經年累月被煙燻黑，祂們的神眼依舊炯炯有神，似乎可以看穿每一個人的心事。而殿堂內好幾個梁柱上都出現毛筆字，每一段都是一個謎題要人猜，令人忍不住不停抬頭看。而正殿的藻井，每一個結網都有一尊佛像朝中，中間為太極八卦，而八卦四周圍是四隻腳朝內的麒麟，麒麟之外又有四隻鶴朝中，又像一個謎題，仿如呼應斗六媽欲傳達的訊息，舉頭三尺有神明，諸惡莫作，眾善奉行。神龕上的木雕金碧輝煌，最引人注目的是神龕兩頭的浮雕龍，那攝人的眼神與姿態就像要從天而降。而面對神龕正面有一面由莆田賢良港天后祖祀所贈的「螺港尋源」匾額，匾額四周的浮雕龍爪破框而出，顯得活靈活現。
為了讓委員與一般信眾信服，目前新興宮的委員會及監事皆採擲筊方式產生，主委委員及副主委員、常務監事再經由斗六媽擲筊認同後上任。新興宮現任主委賴建文先生及眾委員、監事，即是採用這種方式被斗六媽選為主委，上任以來積極作為，加強佈施救濟貧困戶及縣內的需要救助機關團體；管理委員會鑑於要將斗六慈悲為懷的精神發揚光大，新春過年期間也舉辦一系列的活動，今年特別製作了斗六媽發財金及虎爺發財錢，要供善男信女，如能獲斗六媽及虎爺將軍一個聖筊的同意，就可獲得發財金及發財錢，帶回家做為母錢，保佑你新的一年財源廣進、事業順利賺大錢。另外，廟裡也提供祈福卡讓新春來新興宮參拜斗六媽的善男信女，能獲得斗六媽的庇佑。

新興宮每年於媽祖聖誕前舉行遶境祈福活動，同時響應斗六市公舉辦「九十八年斗六市民俗文化節～歡喜迎媽祖系列活動」，協助推動與保留斗六的傳統民俗技藝。除外，約莫此時台北「柴寮媽祖會」的柴寮媽也固定於每年農曆三月十三日都會恭迎新興宮的斗六媽前往台北會香，而新興宮會從神龕請出年代僅次於三百多年的開基媽，據傳有百年歷史的副駕四媽，又稱北巡媽，前往會香，直到媽祖聖誕過後農曆三月二十五日送駕回鸞，每年回鸞柴寮媽祖會都會幫斗六媽打造金牌一面，可見柴寮媽祖會對斗六媽的尊重與虔誠信仰。

魷魚興嘴吃嘴魷魚嘴羹

廟附近總有一間令人回味的特色小吃，而有些小吃店也伴隨著廟宇的歷史成長。位於新興宮廟旁的「魷魚興嘴吃嘴魷魚嘴羹」，就是斗六人氣美食王，它的魷魚嘴羹麵與川燙魷魚配上老闆特調哇沙米醬油膏就是一絕，魷魚咬起來脆又彈牙，哇沙米的嗆辣又提出了魷魚的鮮甜，來新興宮除了求得媽祖心靈的慰藉，更要來此祭拜一下我們的五臟六腑。